Configuração (Recomendado)

Abra o Beyond Compare e clique em Folder Compare

Após clique no Menu Session -> Session Settings...

Na tela que se abre, vá na aba Comparison e deixe-a conforme a imagem a baixo para melhor desempenho

Caso a busca ainda estiver lenda, se atentar se está selecionado para trazer apenas as diferenças.

Menu View poderá deixar da seguinte forma para ter alguns recursos a mais como mostrar os espaços e quebras de linha, facilita para indentação.

Menu Tools -> Options algumas opções para facilitar o trabalho, isso faz aparecer uma linha na vertical na coluna 130, assim facilita ao revisar códigos.

Menu Tools -> File Formats aba Misc poderá deixar da seguinte forma para que quando apertar TAB ele acrescente dois espaços