Configuração

Pré-Requisito
Beyond Compare 4 instalado, se não estiver, veja Aqui como fazer.

Em uma tela qualquer como a Área de Trabalho ou Windows Explorer, clique com botão direito do mouse, TortoiseSVN -> Settings 

Navegue até Diff Viewer e deixe ela como a imagem abaixo:

Em Diff Viewer -> Merge Tool e deixe ela como a imagem abaixo:

Após isso clique em Aplicar e depois OK.

Pode acontecer de em alguns momentos pedir a suas credencias em uma tela como esta:

Basta preencher com seu usuário e senha, e prosseguir.

Por se tratar de uma ferramenta muito utilizada no dia-a-dia do desenvolvimento e da qualidade, existe um livro onde são explicados os comandos básicos do SVN e suas utilidades, você pode acessar o livro clicando aqui.